A partir da década de 90, diversas organizações ligadas a agroecologia começaram a se mobilizar contra os altos custos e falta de diálogo dos sistemas de auditoria, que não se adequavam a realidade da agricultura familiar. 

A lei de agricultura orgânica prevê duas modalidades de certificação: a certificação por auditoria e os sistemas participativos de garantia (SPG). E ainda está previsto o controle social na venda direta de produtos orgânicos sem certificação (OCS).

A certificação por auditoria é realizada por empresas ou instituições credenciadas.

Um sistema participativo de garantia é composto pelos membros deste sistema e por um organismo participativo de avaliação da conformidade, o OPAC; e o controle social na venda direta de produtos orgânicos sem certificação é a venda realizada diretamente por agricultores familiares organizados, vinculados a organização de controle social, cadastradas no Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento (MAPA) ou outro órgão fiscalizador.

O Brasil foi o primeiro país a colocar em sua legislação a certificação participativa, incluindo agricultores que não entrariam na certificação por auditoria, devido ao custo, metodologia e burocracia.

Uma das iniciativas pioneiras na prática do SPG no Brasil é a Rede Ecovida de Agroecologia, fundada em 1998, que consiste num amadurecimento e compromisso compartilhado entre mais de 4.500 famílias organizadas em 300 grupos, 30 organizações da sociedade civil, 20 cooperativas e associações de consumidores e 100 unidades de processamento.

A Rede é organizada em 29 núcleos regionais, como o Núcleo Alto Uruguai onde o Centro de Apoio e Promoção da Agroecologia (CAPA) e o Centro de Tecnologias Alternativas Populares (CETAP) desenvolvem trabalhos de assessoria para o aprimoramento da Agroecologia, envolvendo aproximadamente 120 famílias. Em cada núcleo existem experiências de famílias que produzem, beneficiam, vendem e compram produtos agroecológicos, experiências muito bonitas de cooperação, solidariedade e comércio justo.

No Sistema Participativo da Garantia (SPG) a certificação de uma unidade de produção familiar acontece pelas visitas realizadas pela Comissão de Ética dos grupos de cada núcleo, que é composta por agricultores. Essa visita acontece anualmente em todos os grupos da Rede Ecovida, onde além da verificação da conformidade orgânica, ocorre a partilha de conhecimento e saberes tradicionais. É um sistema de geração de credibilidade em rede realizado de forma descentralizado, respeitando as características locais, que visa aprimorar a Agroecologia e assegurar a qualidade de seus produtos através da participação, aproximação e compromisso entre agricultores, os técnicos e os consumidores.

A Rede Ecovida acredita que a certificação deve ser o resultado da confiabilidade gerada por um amplo processo que se inicia com a consciência de cada pessoa e/ou família em torno da necessidade de produzir sem destruir, em parceria com a natureza.